Home arrow Čuli smo arrow Čuli smo da... arrow GeneDesign
GeneDesign PDF Ispis E-mail
(1 glas)

~Sentinel~   
Tuesday, 21 February 2006
dnaZnanstvenici s Medicinskog fakulteta Johns Hopkins objavili su razvoj Web-temeljenog, automatskog računalnog programa za koji tvrde da uvelike pojednostavljuje dugotrajni i neprecizni proces ručnog stvaranja umjetnih dijelova DNA.
Program, nazvan GeneDesign, vodi dizajn 'blueprintova' DNA segmenata prema točnim specifikacijama potrebnih za proučavanje funkcije gena i genetički inženjering stanica. Blueprintove tada koriste tvrtke ili drugi istraživači za sintezu gena.
Izvještaj o programu pojavit će se u travanjskom izdanju časopisa 'Genome Research', a o­nline se nalazi na http://slam.bs.jhmi.edu/gd.
GeneDesign automatizira proces određivanja koji parovi baza trebaju biti povezani zajedno određenim redom kako bi se stvorio gen. Genetičke šifre za specifični protein te slijed stotina tisuća parova baza koje čine taj gen određuju slijed aminokiselina koje stvaraju protein. Prednost programa je u tome što uz navođenje u stvaranju gena automatski određuje i nedostatke, pa se pogreške mogu lakše izbjeći. Pojednostavljenje procesa stvaranja umjetnih gena važno je jer i male promjene kod izbora parova baza za specifične dijelove gena mogu imati značajne učinke na funkciju gena i učinkovitost njegova ubacivanja u stanice. Program može birati i vrlo specifične kodonske triplete koji funkcioniraju posebno dobro u specifičnim organizmima, jer se ljudske, bakterijske i stanice kvasaca razlikuju u preferiranju spocifičnih kodona za određenu aminokiselinu, tako da program automatski bira najbolji kodon ovisno o tome treba li gen raditi u ljudskoj, bakterijskoj ili stanici kvasca. Kada se uzme u obzir da se radi sa stotinama kodona, to je vrlo velika pomoć.
Dosada su istraživači uz pomoć programa uspjeli stvoriti mnoštvo sintetičkih sekvenci, uključujući element Ty1 – mobilni dio genetičkog materijala iz stanica kvasca. Ty1 elementi mogu 'skočiti' iz jedne stanice kvasca na specifično mjesto na kromosomu druge stanice, uzrokujući mutacije ili samo donoseći dodatni genetički materijal u stanicu.
GeneDesign sastoji se od šest modula koji se mogu upotrebljavati individualno ili u serijama za dizajn i manipulaciju sintetičkim sekvencama DNA. Program dopušta korisniku početak rada od aminokiselina koje stvaraju proteine ili baza koje stvaraju gen za taj protein. Program dalje vodi proces kroz seriju koraka kako bi se sintetizirao sam gen i vektor koji prenosi gen u stanicu. Dakle, korisnik koristi ili glavni 'Design a Gene' put ili module individualno po potrebu.
Program pojednostavljuje i stvaranje gena koji za proteine s poželjnim modifikacijama – npr. promjene koje bi eventualno stvorile učinkovitiji protein. Uz pomoć GeneDesigna mogu se stvarati i restrikcijska mjesta, program vodi znanstvenika u izboru serija parova baza gdje restrikcijski enzimi režu DNA, što je potrebno za sparivanje umjetnih gena s vektorima. Kada bi se ista restrikcijska sekvenca pojavljivala duž gena, enzim koji je prepoznaje napravio bi više rezova, te bi precizno rezanje bilo nemoguće.
Naravno, i uspješno dizajniran gen ne bi bio od koristi kada bi postojao u samo jednom primjerku. Stoga je potrebna i lančana reakcija polimeraze, što omogućuje stavljanje restrikcijskih sekvenci na specifična mjesta duž gena, pa se gen može rezati kako bi se lako duplicirao milijune puta. Stoga je sposobnost rezanja i ponovnog spajanja gena vrlo bitna za stvaranje gena točnih specifikacija, kao i njihova replikacija, vezanje na vektore i ubacivanje u stanicu – uz pomoć ovog programa, ubrzo bi ovaj posao mogao postati vrlo jednostavan.Izvor: http://www.hopkinsmedicine.org/Press_releases/ 

Samo registrirani korisnici mogu komentirati.
Molim ulogirajte se ili registrirajte.

 

Iz Arhive

endoscopic surgeryEndoskopsko uklanjanje ranog karcinoma želuca i crijeva metodom “tunelinga” prvi je put u petak izvedeno u K...
Opširnije...
HID & EFIS Od 20. do 21. listopada na Medicinskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu održan je znanstveni skup „2017 Annua...
Opširnije...
TeaTime predavanje Na našem 19. TeaTime predavanju, 30.10.2017., druži...
Opširnije...
medial jordanUz čaj i čajne kekse družimo se u ponedjeljak, 30.10.2017, točno u 5.00 (p.m.) s prim.dr. Nabeelom Zoimatom koj...
Opširnije...

Korisnički račun






Zaboravili ste lozinku?
Ako još nemate Korisnički račun, možete ga kreirati ovdje.

Kalendar

« < Rujan 2019 > »
P U S C P S S
26 27 28 29 30 31 1
2 3 4 5 6 7 8
9 10 11 12 13 14 15
16 17 18 19 20 21 22
23 24 25 26 27 28 29
30 1 2 3 4 5 6

Nadolazeći događaji

Bez dogadaja

Tko je online

Gostiju online: 1

Statistika

Korisnika: 174
Novosti: 1625
Linkova: 0